Deze nieuwe editie in de Monster Hunter franchise heeft een geheel nieuwe gameplay meegekregen en is dus anders dan zijn voorgangers. Je speelt de rol van een Rider die vriendschappen sluit met monsters door hun eieren te stelen en deze uit te broeden. Nadat deze eieren uitgebroed zijn kan je je monsters een naam geven, hen berijden en je kan deze monsters mee laten vechten aan jouw zijde. Je krijgt de kans heel wat gebieden te bezoeken, andere monsters te bevechten, hen te verslaan en allerhande zaken te verzamelen en te gebruiken, om zo eieren te stelen en uit te broeden.
De gevechten hebben een nieuwe RPG turn-basedopzet en als het jouw beurt is om de vijand aan te vallen dan kan je tegelijk aanvallen met jouw Rider en de door jou gevangen monsters. Aanvallen komen in drie verschillende stappen voor zowel speler als vijand, namelijk: power, speed en technique. Sommige aanvallen zijn sterker als anderen, zoals dit het geval is bij het spelletje rock, paper, scissors. Power wint het van technique, speed wint van power en technique wint van speed. In jouw gevechten kan je kiezen voor vier wapens die variëren van schild en zwaard tot een jachthoorn. De spelers van deze game hebben ook een aantal krachten ter beschikking om te kunnen winnen van vijanden.
Monsters die gevangen zijn kunnen aangepast worden aan de wensen van de gamers via een speciale Transmission Ceremony en Monster Hunter Stories support het gebruik van lokaal internet of een WiFi-internetverbinding, waardoor je jouw monsters nog meer verschillende nieuwe features kan meegeven.